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週末津田沼 2 days [研究]

週末は解析で研究室でパソコン作業.

1.来週末のGR研究会@沖縄での発表(マニアックな世界へど〜ん),
2.翌週のGB研究会@K博での発表(粗相禁止),
3.さらにその翌週にはTセミナー@TH大での発表(初めての人ばかり).

と少し重なるけど違う内容でプレゼン3連発なのでその準備に追われてます.

 どうやら1番に参加するBウズハゼチームの面々はもうパワポ作りも佳境に入っているようですが,自分はまだ解析中です.

 この2日間で,

1番と3番で使うミトゲノムの系統樹ができました.
2番と3番で使う系統樹(supermatrix法)ができました.

 何れの系統樹も図としてこれから綺麗にしなくては行けませんが,取り敢えずは自宅でも移動中でも出来る作業に移行できるので少しホッとしたところです.


 で,折角?なのでお昼は駅周辺でラーメンチェックでしたw


【土曜日】

スーパーこってりラーメン

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 背脂が凄い!

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 うん,麺が太くて濃いスープとマッチして結構クセになりそうでした.でも,薄めにしてもらうぐらいがちょうど良いかもw


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【日曜日】

とんこつらーめん

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とんこつのダシが効きまくって,あじくーたーですw ここも太麺でまいう〜です.



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 沖縄そば好きの自分としては,こってり太麺大好きなので良かったですね〜.ただ,毎日のように食べると何かがすくすくと育ちそうな・・・w


では,また明日!


Nミノコハゼ実験(続編) [研究]

 先週,CR領域の約20塩基を除いたミトコンドリアDNAの全塩基配列が決定できたNミノコハゼ.

 今週は,各遺伝子の同定・切り出しと他種とのアライメントです.

 SナハゼとNミノコハゼは同じSナハゼ科に属しますが,そのSナハゼ科のハゼ亜目の中での系統的位置をハッキリさせるのが今回の一つの目的です.

 今までも,Sナハゼを含めたハゼ亜目の系統関係を調べた来ましたが,どうもSナハゼは進化速度が速くて(系統樹の枝が長い)座りが悪かったので,是非,同科別属の種を解析に加えたいと思ってました.

 で,今回,沖縄でのG研究会で発表するし,南の島R大のK君がゲットしてくれたので,優先的に実験している感じです.

 シーケンシングが終わったのでさっさと系統解析をしたいところでしたが,他のハゼの挿入配列の正体を調べたり,一部配置変動してた遺伝子を探したりするのに手間取ってしまい,金曜日になってようやくほぼ完了となりました.

 というわけで,土日はいよいよ系統解析です.ふぅ〜.




 さて,少し心が解放された週末は,一週間の疲れを癒しにガッツさんと柏駅前で・・・

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 炭火焼き屋で,先ずはいっぱいで喉を麗し食欲増進させ,


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 つづいて幡ヶ谷に移動して,ktktでU本さんと合流し,鯨の刺身など頂きました.まいう〜.


 というわけで,明日も出勤するけど,すっかり良い塩梅になりました.めでたしめでたし.



 

一泊二日で実験@柏+ [研究]

 ここ最近,NミノコハゼのmtDNAの全塩基配列を決定するための実験をしています.以下,その一部をご紹介w


 今回の実験では,小さなハゼの右胸びれのみからのDNA抽出でしたが,おかげさまで少量とはいえ無事にきれいなDNAが得られました.先ずは上々のスタート♪

 で,DNAが抽出できたら,次は遺伝子の増幅です.

 今回は少量しかDNAがないので,プライマーが合わなかったりして失敗を続けたりしたら,あっという間にDNAはなくなってしまうという状況でした.さらに,折角手に入った貴重な標本だからと多めにTaqを使ってもいいから成功するようにとのボスからのプッレシャーもありました・・・.

 しかしながら,結局は幸運にも今回は標本の鮮度も良いこともあって,ミトコンドリアDNAのみを増幅するロングPCRに割と難なく成功することができました(今までの実験の経験・蓄積があってのことですが).その結果,引き続いて行うショートPCRの基となるDNAが大量に増え,そのあとの実験が少々失敗しても取り返せる状態になりホッとしましたw

 この一泊二日での実験では,そのロングPCR産物を基にしたショートPCRでも,近縁のSナハゼのデータを基にプライマーや実験条件をしっかりと検討できたので,ほぼ成功することが出来ました.

 ありがとう!


 というわけで・・・

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 ホッとした勢いでイリオモテ野良猫さんとモリモリと夕飯へw キャンパス駅周辺唯一の居酒屋さんですがお酒も肴も充実していておいしかったです(お腹が減りすぎていて食べ物があるときに写真を撮れず).


 〜柏ゲストハウス泊〜

 
 翌日はPCRに成功したDNAの塩基配列決定=シーケンシングです.朝一で準備をして,院生のサンプルと同時に午前中のうちにセットできました.結果は,院生のデータの次に出てくるので夜中に成ります.

 ここまでくれば果報は寝て待てならぬ食べて待てw



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 というわけで,今度は柏にある公設市場のお寿司屋さんへフナ姐さん(+愛娘)&ガッツさんとともにランチへ.ネタは大きくおいしかったんですが,自分としてはもうちょっとバランスがとれた方が「にぎり」としてはいいなと思いました.

 この日のそのあとは,修論の中間報告会やらなんやらで終わりました.



〜帰宅してフットサル練習w〜



 翌朝,データを回収するためだけにいったん柏へ,一時間だけ滞在して津田沼に移動しました(同じ千葉でも遠いです).そして,いよいよシーケンスデータのアッセンブル(つなぎ合わせ)です.

 約1000〜1700塩基の各シーケンスファイル(計48)をコンピューターソフトに取り込みボタンをポチっとな.→その結果,約16,900塩基の一つにつながった塩基配列データを得ることができました。要するに,環状なミトコンドリアDNAの塩基配列を一周決定することが一応できたということです.

 一応・・・というのは,その16,900塩基の中で4カ所ほど正確性に欠けている箇所があったからです.残念ながら一発で完全決定とは成りませんでした.

 まぁそれでも93%は一発で決定できたので実験は大成功だったと思います.


 というわけで続きは来週に・・・


 



びっくりの二重投稿 [研究]

驚いたは,むかついたはで,大騒ぎでしたw

 最近,Nクジウオ関連の投稿論文のレビューワーを依頼されて引き受けました.

 某C国での研究論文です.まずザッと読んだところ,中身に少々問題がありましたが,その投稿先雑誌の編集方針的には改訂すればOKなんだろうなという感想を持ってました.

 それからしばらくして,またまた別雑誌よりNクジウオ関連の投稿論文のレビューワー依頼のメールが届きました.その時は,論文のタイトルを見ただけで,「この前の論文に似てるな〜.忙しいし,ちょっと面倒くさいな.」としか思ってませんでした.

 某C国では,以前より似たような関連論文が多数出版されていたので,どうせそのシリーズだろう・・・っていう感こともあって,モチベーションがあがりませんでした,

 それから2〜3日後,依頼を引き受けるかどうか返事しなくてはと思い,改めて依頼メールの中身を見てみると・・・

 う〜ん

 タイトルおよび要旨にやっぱり見覚えが・・・

 これはと思い,改めて以前にザッと読んだ原稿と見比べてみると,なんとタイトルおよび要旨が一字一句同じでした。しかも誤字まで同じのホントのコピペ・・・

 愕然としました.

 まさに本当の二重投稿でした。

 早速,両雑誌のエディターに,二重投稿だから自動的にリジェクトの旨を伝えました.で,向こうで確認がどうやらとれたらしくて,数時間後に了解メールがきました.ふぅ〜.

 今回のような真の二重投稿は,一回出版されたことのある論文の別雑誌への再投稿と違って,ほぼ公表されるまで発覚しないと思われます.今回は,狭い業界!ということもあって,たまたま同じレビューワーに別雑誌から依頼があったので発覚しましたが・・・.

 ところで,もし両雑誌ともにアプセクトされたら,著者らはどうしたのでしょうか?

 どちらも,ネットで検索すればヒットする雑誌なので,いずれはバレて,取り消しとかの処分になる可能性が大きい気がします.

 また,まるで同じ論文タイトルなので,業績一覧に並べて書くことも難しいし・・・

 ということは,どっちかが審査を通ったら,もう片方を引っ込めるつもりだったのでしょうか???

 いずれにしても迷惑な話で,研究者の心意気で成り立っているピア・レビュー制度の機能を低下させる全く残念な出来事でした.




 
 


supermatrix解析メモ [研究]

 ここ数日,現在進行中の論文に適用しているsupermatrix解析のメモ.以前,フナ論文でも使いました(フナ姐さん主著,C博物館のMM先生の力を借りて).

 この解析よって,バラバラな遺伝子領域のデータを一つの系統樹上にまとめることが出来ます.


1.ミトコンドリアDNA(mtDNA)の全塩基配列でしっかりとした系統樹を作る.
 ターゲットとなる分類群の系統関係が大まかにわかるようなOTUの設定.この系統樹がsupermatrix解析のバックボーン制約(骨格となる樹形)になる.

2.mtDNAを用いるところがポイントの一つ.
 DNAデータベースに登録されている多くのmtDNAの部分塩基配列を上述の系統樹に組み込める.最近,mtDNAの部分塩基配列は,PCRの普及,シーケンシング価格の低下,DNAバーコーディングなどのプロジェクトによって,その登録数を増加させている.

3.supermatrixを作成する.  
 データベースからダウンロードした配列や自分で決定した部分配列を,上述の骨格となる系統樹作成で使用したOTUの配列とともに遺伝子領域ごとにまとめたマトリックス(データセット)を作成する.それをMacCladeなどのソフトを利用して連結させる
 → Supermatrixの完成!

4.いよいよ系統解析.
 最尤法による系統解析ソフトRAxMLを用いて,3のsupermatrixをインプットデータとして解析する。その際,樹形を固定するために1の系統樹ファイルを読み込む.
 そうすると1のしっかりとした系統樹上に数多くの登録データが最節約的に組み込まれ、それらの登録データがどの系統に入るかが一目瞭然となる.
 MacProの8コア機で,3000塩基で300弱のOTUのデータセット,ブートストラップ1000回で13時間ぐらいです.
 
*注意 
 登録データが予想された系統に入らなかった場合.隠蔽系統の発見などの科学的新知見!以外にも,登録ミスや同定ミスなどの人為的な問題も多くありそうなので,もとの文献や標本等にあたらなければならない場合もあります.


 そして今,これを化石に適用した論文を進めています・・・



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解析の合間に学食で沖縄そば・・・あー沖縄復帰したいなぁ






春のナメクジウオ論文作成強化期間(3日間)の成果 [研究]

 諸々の申請・報告書類の〆切りシーズンもようやく過ぎ,今週の月曜日から今日の水曜日までの3日間,なるべく他の仕事をせずに,頭索動物亜門ナメクジウオ属の系統と多様性に関する論文作成に集中してました.

 天気も悪いこともあって運動トレもパスしたその結果を記しておきますw


【先週までの状況】

 昨年末の国際シンポで発表できたぐらいの主要な解析,図の作成が終了.
 論文内容の構成が和文箇条書き程度.


【強化期間の成果】(というか吹き出した問題点!?)

 全体:構成の要再検討
      → 新たな解析を加えたい.分類学的な検討のややこしい話をすっきりさせたい.

 イントロ:ほぼ英文化終了
      → 整合性のとれたアピール強化のためのブラッシュアップ開始

 マテメソ:ほぼ英文化終了
      → のはずが,新たな解析を加えたくなったので,そこの作成がこれから.

 ケッカ:練れてない英文化は終了w
      → 示すべき各ケッカの順序をはじめ,表現に検討の余地が大いにあり

 コウサツ:ほぼ和文箇条書きのまま
      → もっと進行するはずでしたが,コウサツの最後をまとめるにあたり,ひと解析することに.


【論文化達成率】

 ざっと5割ぐらい? 思ったより時間がかかってしまってます.


【今後の予定】

 新たな解析を2つほど加える.若干の標本の追加実験もするかも.

 日程的にはゴールデンウィーク後にガッツリと再開することになりますが,それまでにちょこちょことアイデアや問題点の整理を進めておきたいです.


【感想】

 脳内CPUを取り替えて増強したいw あとメモリーもwww








論文投稿しました [研究]

予定より2ヶ月近く遅れましたが,

ようやく論文を投稿できました.

小さな論文ですが久々の第一著者です.

もっと頑張らなきゃ駄目だなぁ.


 とは言え,どんな論文でも投稿できるようにきちっとするって,凄いエネルギーが必要です.なので,その最後の一頑張りが足りずに,各地で結果が出ているのに書きかけの原稿(研究)が眠ってしまっているのでしょう.


では,粛々とレフリーの判定を待ちたいと思います.






もう3週間が・・・ [研究]

新しいところに移って早3週間.

システムの違いに右往左往してます.

思ったより柔軟だったり,思ったよりきちっとしてたり.

窓口,係,担当の方など何もかもわからないので,伝票ひとつ出すのにも苦労してますw

なんかそんなんで4月は終わりそうですね~


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ただ今成長中.


MクロソフトのWード [研究]

 おそらく皆さんもよく使ってらっしゃると思われる超有名な書類作成ソフトのMクロソフトの「Wード」.

 文献管理ソフト「EんどNーと」の引用埋め込みや,Wードの校正機能を密度濃く使うと,どうもファイルが壊れるとか,Wードが機能凍結するとか,アクシデントが起きやすくなる気がします.

 一生懸命な?論文ほど上述の機能を多用するので,困りものです.

 OSなのか,ソフトのバージョンなのか,メモリの容量なのか,CPUの性能なのか,そもそもソフトのせいなのか,いったい原因は何なんでしょうかねー???

 何れにしてもリカバリーに時間を浪費してしまうので困りものです・・・

はじめてのPCR@柏キャンパス(+ウントレ8) [研究]

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 遅ればせながら新キャンパス・新実験室での初PCR.砂好きな某小さなハゼの遺伝子解析です.ちょっと増幅量が少なくてバンドの光が暗い個体もありましたが,自分の中では32打数32安打の打率10割ということにしましたw

 新年度,縁起がよい結果ですw



【今日の運動~ウントレ記録2010その8】

 PCRの合間に 約5kmのジョギング.暑かったw そして凄い桜吹雪.

 夕方になって雨も落ちてきたので,もう桜のシーズンも終わりですね.

 また来年v




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