supermatrix解析メモ [研究]
ここ数日，現在進行中の論文に適用しているsupermatrix解析のメモ．以前，フナ論文でも使いました（フナ姐さん主著，C博物館のMM先生の力を借りて）．
この解析よって，バラバラな遺伝子領域のデータを一つの系統樹上にまとめることが出来ます．
1．ミトコンドリアDNA（mtDNA）の全塩基配列でしっかりとした系統樹を作る．
ターゲットとなる分類群の系統関係が大まかにわかるようなOTUの設定．この系統樹がsupermatrix解析のバックボーン制約（骨格となる樹形）になる．
2．mtDNAを用いるところがポイントの一つ．
DNAデータベースに登録されている多くのmtDNAの部分塩基配列を上述の系統樹に組み込める．最近，mtDNAの部分塩基配列は，PCRの普及，シーケンシング価格の低下，DNAバーコーディングなどのプロジェクトによって，その登録数を増加させている．
3．supermatrixを作成する．
データベースからダウンロードした配列や自分で決定した部分配列を，上述の骨格となる系統樹作成で使用したOTUの配列とともに遺伝子領域ごとにまとめたマトリックス（データセット）を作成する．それをMacCladeなどのソフトを利用して連結させる
→ Supermatrixの完成！
4．いよいよ系統解析．
最尤法による系統解析ソフトRAxMLを用いて，3のsupermatrixをインプットデータとして解析する。その際，樹形を固定するために1の系統樹ファイルを読み込む．
そうすると1のしっかりとした系統樹上に数多くの登録データが最節約的に組み込まれ、それらの登録データがどの系統に入るかが一目瞭然となる．
MacProの8コア機で，3000塩基で300弱のOTUのデータセット，ブートストラップ1000回で13時間ぐらいです．
＊注意
登録データが予想された系統に入らなかった場合．隠蔽系統の発見などの科学的新知見！以外にも，登録ミスや同定ミスなどの人為的な問題も多くありそうなので，もとの文献や標本等にあたらなければならない場合もあります．
そして今，これを化石に適用した論文を進めています・・・
解析の合間に学食で沖縄そば・・・あー沖縄復帰したいなぁ
この解析よって，バラバラな遺伝子領域のデータを一つの系統樹上にまとめることが出来ます．
1．ミトコンドリアDNA（mtDNA）の全塩基配列でしっかりとした系統樹を作る．
ターゲットとなる分類群の系統関係が大まかにわかるようなOTUの設定．この系統樹がsupermatrix解析のバックボーン制約（骨格となる樹形）になる．
2．mtDNAを用いるところがポイントの一つ．
DNAデータベースに登録されている多くのmtDNAの部分塩基配列を上述の系統樹に組み込める．最近，mtDNAの部分塩基配列は，PCRの普及，シーケンシング価格の低下，DNAバーコーディングなどのプロジェクトによって，その登録数を増加させている．
3．supermatrixを作成する．
データベースからダウンロードした配列や自分で決定した部分配列を，上述の骨格となる系統樹作成で使用したOTUの配列とともに遺伝子領域ごとにまとめたマトリックス（データセット）を作成する．それをMacCladeなどのソフトを利用して連結させる
→ Supermatrixの完成！
4．いよいよ系統解析．
最尤法による系統解析ソフトRAxMLを用いて，3のsupermatrixをインプットデータとして解析する。その際，樹形を固定するために1の系統樹ファイルを読み込む．
そうすると1のしっかりとした系統樹上に数多くの登録データが最節約的に組み込まれ、それらの登録データがどの系統に入るかが一目瞭然となる．
MacProの8コア機で，3000塩基で300弱のOTUのデータセット，ブートストラップ1000回で13時間ぐらいです．
＊注意
登録データが予想された系統に入らなかった場合．隠蔽系統の発見などの科学的新知見！以外にも，登録ミスや同定ミスなどの人為的な問題も多くありそうなので，もとの文献や標本等にあたらなければならない場合もあります．
そして今，これを化石に適用した論文を進めています・・・
解析の合間に学食で沖縄そば・・・あー沖縄復帰したいなぁ
何だか良く判らんが
一つだけ判ったことは…
オチはそこ（写真）かい！
by syou (2010-05-22 13:06)
そうです．本音ですｗ
by shirasuuo (2010-05-23 12:11)